Mange mennesker, der skifter filtre for første gang, bliver ofte overraskede over at finde ud af, at deres luftbehandlingsanlæg har brug for to filtre - det skal jo filtrere luften udefra, ikke sandt? Men luften, der kommer ind i AHU'en, kommer ikke kun udefra, men også indefra - indendørs.
Hovedformålet med filtrene i AHU'en er at beskytte varmeveksleren og dens andre elementer mod tilsmudsning. Derfor kræves der et separat filter til begge strømme. Til udstødningsstrømmen er filtre i klasse G3 til G4 (grov) tilstrækkelige. Filtre af højere klasse, såsom F7 (ePM1) eller M5 (ePM10), placeres normalt på indblæsningskanalen og forbedrer kvaliteten af indblæsningsluften.